O Universo Pokémon, baseado em mitos, foi criado pelo lendário pokémon Arceus, que, por sua vez, criou outros pokémons lendários, como Dialga e Palkia, para manterem o equilíbrio do tempo e do espaço nesse "Universo paralelo".
No filme Lucario and Mistery of Mew, há um pequeno trecho que resume o que é o Universo Pokémon. Segundo esse trecho, os pokémon são criaturas que se desenvolveram (e ainda se desenvolvem) e fizeram grandes laços de amizade com os humanos, criando assim o Universo Pokémon, não apenas composto por pokémons, mas também por humanos.
Desde a sua criação, o Universo Pokémon vem sendo controlado rigorosamente pelos pokémon lendários (criados por Arceus e outros lendários), tanto para o bem dos pokémon e dos humanos. É o caso de Azelf, Mesprit e Uxie. Azelf dá esperança aos humanos, Mesprit, as emoções e por fim, Uxie, sabedoria.
Vários outros lendários foram criados por Arceus. É o caso de Heatran, Cresselia, Darkrai, Latios, Latias, Celebi, Shaymin, entre outros, todos encarregados para controlar um elemento natural no Universo Pokémon. Heatran ficou encarregado da lava, Cresselia dos sonhos e Darkrai dos pesadelos. Latios e Latias são os guardiões do infinito e por fim, Celebi e Shaymin ficaram encarregados da vasta natureza.
Arceus também criou Ho-oh e Lugia, as aves lendárias de Johto, encarregadas de levar a paz e prosperidade ao Universo Pokémon. Eles possuíam grande rivalidade, e acabaram destruindo uma das torres da cidade de Ecruteak. Ho-oh, para demonstrar sua força, criou os três cães lendários (Raikou, Entei e Suicune) e Lugia, com um pouco de inveja de tão grande força, criou as aves lendárias (Articuno, Zapdos e Moltres), deixando-as em ilhas separadas no continente de Kanto.
O Pokémon Deus criou também Groudon, Kyogre e Rayquaza, responsáveis, respectivamente, pela terra, pelo mar e pelos ares. Groundon e Kyogre, com grande rivalidade, acabaram iniciando uma grande luta, na qual ganhou um fim, dado por Rayquaza, adormecendo os dois. Rayquaza, então, criou Regigigas, que, criou mais três pokémon: Regirock, Regice e Registeel.
Todos esses pokémon controlam o vasto Universo Pokémon, com cautela. E assim foi formado o Universo Pokémon, com a ajuda de todos esses pokémon que controlam os elementos.
